קבלת ההחלטות בנושאי האמנה מתקיימת כיום במסגרת "ועדה מכינה" (Preparatory Committee) לארגון אמנ"ס, שחברות בה כל המדינות החתומות על האמנה.
הפעילות השוטפת מבוצעת על ידי מזכירות זמנית של הארגון (Provisional Technical Secretariat - PTS) אשר בראשה עומד המזכיר האקזקוטיבי. מזכיר ארגון אמנ"ס הנוכחי הינו השגריר טיבור טוט, מהונגריה.
כמו כן, קיימות שתי קבוצות עבודה של נציגי המדינות החברות המתכנסות במועדים קבועים – Working Group A (קב"ע א), האחראית על תקצוב ופעילות שוטפת; ו-Working Group B (קב"ע ב), העוסקת בבניית מערך האימות הגלובלי של האמנה.